Το Πανελλήνιο πρωτάθλημα 1955–56 υπήρξε μία εξαιρετικά ενδιαφέρουσα διοργάνωση, καθώς από τις 6 ομάδες που μετείχαν, οι 5 διεκδίκησαν ως το φινάλε τον τίτλο του πρωταθλητή. Είναι χαρακτηριστικό ότι ο πρωταθλητής με τον 5ο της κατάταξης είχαν μόλις 3 βαθμούς διαφορά, ενώ μόνο ο Άρης έμεινε από το ξεκίνημα πίσω στη βαθμολογία. Τελικά τον τίτλο κατέκτησε ο Ολυμπιακός, παρά το γεγονός ότι ξεκίνησε με 4 διαδοχικές ισοπαλίες, για 3η συνεχόμενη φορά και 12η συνολικά. [1]
Πριν την τελική φάση, η οποία και αποτέλεσε την οριστική μορφή του πρωταθλήματος εκείνης της χρονιάς, υπήρξαν δύο προκριματικές φάσεις. Αρχικά, από τα πρωταθλήματα των τριών «ιδρύτριων» ενώσεων, την πρόκριση για την επόμενη φάση κατέκτησαν:
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Αθηνών: Οι 3 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Πειραιώς: Οι 2 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Μακεδονίας: Οι 2 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Στη συνέχεια, δημιουργήθηκαν τρεις νέοι όμιλοι με γεωγραφικά κριτήρια όπου μετείχαν συνολικά 14 ομάδες. Οι 7 από τις τρεις ιδρύτριες ενώσεις και άλλες 7 από τα πρωταθλήματα των ισάριθμων ενώσεων Α΄ κατηγορίας. Από κάθε όμιλο προκρίθηκαν στην τελική φάση οι δύο πρώτες ομάδες της κατάταξης, οι οποίες τελικά ήταν 2 της Αθήνας, 2 του Πειραιά και 2 της Θεσσαλονίκης.
Το σύστημα αυτό (δύο προκριματικές φάσεις αντί μίας) δεν επαναλήφθηκε τα επόμενα χρόνια μέχρι την καθιέρωση της Α' εθνικής. Το σύστημα βαθμολογίας ήταν: Νίκη: 3 βαθμοί - Ισοπαλία: 2 βαθμοί - Ήττα: 1 βαθμός