Jmol

Jmol
	Αναπαράσταση της στρεπταβιδίνης στο Jmol.
Γενικά
Είδος	ελεύθερο λογισμικό, επιστημονικό λογισμικό
Διανομή
Έκδοση	16.1.59 (26 Φεβρουάριος 2024);
Δοκιμαστική έκδοση	13.1.4 (10 Σεπτέμβριος 2012);
Λειτουργικά
Διαθέσιμο σε	Καταλανικά, Αγγλικά, Ελληνικά
Ανάπτυξη
Γραμμένο σε	Java
Άδεια χρήσης	GNU Lesser General Public License
Σύνδεσμοι
Επίσημος ιστότοπος
	http://jmol.sourceforge.net/
Αποθετήριο κώδικα
	https://sourceforge.net/p/jmol/code/HEAD/tree/

Το Jmol είναι ένα λογισμικό για τρισδιάστατη αναπαράσταση χημικών δομών,^[2] που δεν απαιτεί πρόσθετα 3D επιτάχυνσης.^[3] Το Jmol επιστρέφει μια τρισδιάστατη αναπαράσταση ενός μορίου που μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως διδακτικό εργαλείο^[4] ή για έρευνα π.χ. στη χημεία και τη βιοχημεία. Είναι λογισμικό ελεύθερου και ανοικτού κώδικα, γραμμένο σε Java και έτσι εκτελείται σε Windows, Mac OS X, Linux και συστήματα Unix. Δίνεται και ως αυτόνομη εφαρμογή καθώς και ως πακέτο ανάπτυξης που μπορεί να ενσωματωθεί σε άλλες εφαρμογές Java, όπως Bioclipse και Taverna workbench.

Ένα δημοφιλές γνώρισμα του είναι μια μικροεφαρμογή που μπορεί να ενσωματωθεί σε ιστοσελίδες για να εμφανίσει μόρια με διάφορους τρόπους. Για παράδειγμα, τα μόρια μπορούν να εμφανιστούν ως πρότυπα "σφαίρες και ράβδοι", "πλήρωσης χώρου", "κορδέλας" κλπ.^[5] Το Jmol υποστηρίζει πολλές μορφές αρχείων για την αναπαράσταση μορίων, συμπεριλαμβανομένων Τράπεζα δεδομένων πρωτεϊνών (pdb), Κρυσταλλογραφικά αρχεία πληροφοριών (cif), MDL Molfile (mol) και χημική γλώσσα επισήμανσης (CML).^[6]

Η μικροεφαρμογή Jmol, μεταξύ των άλλων, προσφέρει μια εναλλακτική λύση στο πρόσθετο MDL Chime,^[4] που δεν αναπτύσσεται πλέον. Ενώ το Jmol έχει πολλά χαρακτηριστικά που δεν είναι διαθέσιμα στο Chime, δεν έχει πρόβλημα αναπαραγωγής όλων των λειτουργιών του Chime (κυρίως της κατάστασης Sculpt του Chime). Το Chime απαιτεί εγκατάσταση προσθέτου και Internet Explorer 6.0 ή Firefox 2.0 σε Microsoft Windows, ή Netscape Communicator 4.8 σε MacintoshOS9. Το Jmol απαιτεί εγκατάσταση της Java και λειτουργεί σε μεγάλο εύρος λειτουργικών συστημάτων. Για παράδειγμα, το Jmol είναι πλήρως λειτουργικό σε Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome και Safari.

Στιγμιότυπα

Κρυσταλλική δομή ενός πλαισίου RNP H/ACA από Pyrococcus furiosus.
Επισήμανση δύο γεφυρών αλάτων σε τετραμερές αιμοσφαιρίνης (ομάδα αιμοσφαιρίνης ως ράβδοι κάτω δεξιά).
Ένα τμήμα του παράγοντα μεταγραφής TFIIIA που σχηματίζει τρεις διαδοχικές δομές δακτύλου ψευδαργύρου, συνδεμένες με μια επιμήκυνση του DNA.
Ριβόσωμα Eubacterial 70S από Thermus thermophilus.