Η δεκαετία του 2000 ήταν για την ΑΕΚ μία από τις φτωχότερες δεκαετίες της ιστορίας της από πλευράς συγκομιδής τίτλων. Η ΑΕΚ κατέκτησε συνολικά δύο κύπελλα (1999-2000, 2001-02). Παρόλα αυτά όλες σχεδόν τις χρονιές έκανε πορεία πρωταθλητισμού διεκδικώντας το πρωτάθλημα πολλές φορές μέχρι και την τελευταία αγωνιστική. Την αγωνιστική περίοδο 2001-02 έχασε το πρωτάθλημα στην ισοβαθμία με τον Ολυμπιακό, την περίοδο 2004-05 έμεινε έναν μόνο βαθμό πίσω από την κορυφή ενώ τις περιόδους 2002-03 και 2007-08 βρέθηκε μόλις δύο βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο στο τελείωμα του πρωταθλήματος. Οι χειρότερες πορείες της ήταν τις περιόδους 2003-04 όπου η ΑΕΚ αγωνιζόταν χωρίς σταθερή έδρα και τερμάτισε τελικά τέταρτη και την περίοδο 2008-09 που τερμάτισε επίσης τέταρτη στην κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος.
Κατά την δεκαετία του 2000 η ΑΕΚ είχε μόνιμη παρουσία στις Ευρωπαϊκές διοργανώσεις και έδωσε τον μεγαλύτερο αριθμό Ευρωπαϊκών αγώνων απ' οποιαδήποτε άλλη δεκαετία. Η παρουσία της στην Ευρώπη αυτή την δεκαετία ήταν μοιρασμένη ανάμεσα σε πολύ καλές και απογοητευτικές παρουσίες. Η ΑΕΚ είχε σταθερή πορεία τις πρώτες περιόδους τις δεκαετίας. Τρεις συνεχόμενες χρονιές κατάφερε να φτάσει μέχρι την φάση των 16 του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ (2000-01, 2001-02, 2002-03) αποκλείοντας διαδοχικά τρεις και τέσσερις αντιπάλους , για να αποκλειστεί τελικά από τις πολύ ισχυρότερες Μπαρτσελόνα, Ίντερ και Μάλαγα αντίστοιχα. Συμμετείχε επίσης πέντε φορές στην διοργάνωση του Champions League, τις περισσότερες από κάθε άλλη δεκαετία της ιστορίας της, πραγματοποιώντας μάλιστα αξιόλογες πορείες τις περιόδους 2002-03 και 2006-07. Αντίθετα η ΑΕΚ ήταν απογοητευτική στην Ευρώπη τις περιόδους 2003-04, 2004-05, 2006-07 και 2008-09 όπου γνώριζε ήττες ακόμα και από ομάδες χαμηλότερης δυναμικότητας.
Η δεκαετία του 2000 ήταν και από τις πιο ταραγμένες διοικητικά στην ιστορία της ΑΕΚ. Τις περισσότερες περιόδους επικρατούσε διοικητική αστάθεια ενώ κατά κανόνα οι περισσότεροι που αναλάμβαναν προεδρικά καθήκοντα στην ΠΑΕ αποδεικνύονταν ανεπαρκείς. Η ΑΕΚ ξεκίνησε την δεκαετία ως ιδιοκτησία της Net Med για να περάσει στην συνέχεια στον Μάκη Ψωμιάδη, και στην συνέχεια στην ερασιτεχνική με πρόεδρο τον Γιάννη Γρανίτσα. Η ΑΕΚ έφτασε στα πρόθυρα της χρεοκοπίας και αντιμετώπισε έντονα το φάσμα του υποβιβασμού στην Δ΄Εθνική. Το καλοκαίρι του 2004 ανέλαβε πρόεδρος ο Ντέμης Νικολαΐδης που πέτυχε την υπαγωγή της ομάδας στο άρθρο 44. Με την ρύθμιση αυτή η ΑΕΚ απέφυγε τα χειρότερα και στάθηκε πάλι στα πόδια της.[1] Ο Νικολαΐδης έμεινε στην προεδρία μέχρι το ξεκίνημα της περιόδου 2008-09 οπότε η κακή πορεία της ομάδας και η διαμάχη του με μερίδα οπαδών των οδήγησαν σε παραίτηση. Λίγο μετά ανέλαβε πρόεδρος ο Νίκος Θανόπουλος.[2][3]
Άλλο ένα σημαντικό σημείο της δεκαετίας ήταν η κατεδάφιση του ιστορικού γηπέδου της ΑΕΚ στην Νέα Φιλαδέλφεια. Το γήπεδο της ΑΕΚ που είχε υποστεί πολλές καταστροφές από τον σεισμό της Αττικής το 1999 κατεδαφίστηκε τελικά το 2003. Στην συνέχεια η ΑΕΚ αγωνίστηκε προσωρινά στην Νέα Σμύρνη και στο στάδιο των Άνω Λιοσίων για να καθιερώσει τελικά ως έδρα της το Ολυμπιακό στάδιο, τον Σεπτέμβριο του 2004.[4]
Η ΑΕΚ δεν κατάφερε να κατακτήσει κάποιο πρωτάθλημα κατά την διάρκεια της δεκαετίας του 2000. Η κατάκτηση του τίτλου ήταν παρ'όλα αυτά στους αρχικούς στόχους της ομάδας σ' όλη την διάρκεια της δεκαετίας. Πιο κοντά στον τίτλο έφτασε την περίοδο 2001-02 όπου έχασε το πρωτάθλημα στην ισοβαθμία με τον Ολυμπιακό, και τις περιόδους 2002-03, 2004-05 και 2007-08 που βρέθηκε πολύ κοντά στην κορυφή στο τελείωμα του πρωταθλήματος.
Την περίοδο 2001-02 ΑΕΚ πραγματοποίησε την καλύτερη πορεία της στο πρωτάθλημα κατά την δεκαετία του 2000. Τερμάτισε 2η ισοβαθμώντας με τον Ολυμπιακό. Στις μεταξύ τους αναμετρήσεις είχε επικρατήσει και στους δύο αγώνες ο Ολυμπιακός με σκορ 3-2 και 4-3. Η AEK συγκέντρωσε 58 βαθμούς ενω πέτυχε συνολικά 65 τέρματα και δέχτηκε 28. Συνολικά σημείωσε 19 νίκες, μία ισοπαλία και έξι ήττες. Τη χρονιά αυτή στο πρωτάθλημα της πρώτης εθνικής συμμετείχαν 14 ομάδες. Συνολικά τα αποτελέσματα της ΑΕΚ[5]
Την αγωνιστική περίοδο 2007-08 η ΑΕΚ άγγιξε την κατάκτηση του πρωταθλήματος τερματίζοντας τελικά μόλις δύο βαθμούς πίσω από τον Ολυμπιακό.[6] Την χρονιά αυτή μάλιστα η ΑΕΚ πέτυχε την μεγαλύτερη νίκη της στην δεκαετία απέναντι στον κύριο αντίπαλό της, τον Ολυμπιακό με σκορ 4-0.[7] Συγκέντρωσε συνολικά 68 βαθμούς ενώ είχε την καλύτερη επίθεση (65 γκολ) και την καλύτερη άμυνα εκείνη την χρονιά (17 γκολ).[6] Ένα γεγονός που έκρινε σε σημαντικό βαθμό το πρωτάθλημα του 2008 ήταν η δικαστική απόφαση που κατοχύρωσε στον Ολυμπιακό αγώνα στον οποίο είχε ηττηθεί από την Καλαμαριά με σκορ 1-0. Με την απόφαση αυτή ανακηρύχθηκε πρωταθλητής ο Ολυμπιακός.[8]
Πολύ καλή χρονιά για την ΑΕΚ ήταν και η περίοδος 2002-03. Η ΑΕΚ τερμάτισε στην 3η θέση 2 μόλις βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό και εξασφάλισε την συμμετοχή της στο Champions League της επόμενης περιόδου. Αξίζει να σημειωθεί πως την χρονιά αυτή έβγαιναν τρεις ελληνικές ομάδες στο Champions League. Συγκέντρωσε συνολικά 65 βαθμούς (70-27 τέρματα).[9]
Η ΑΕΚ κατάφερε να πλησιάσει πολύ στην κατάκτηση του στόχου της και την περίοδο 2004-05, μία χρονιά που είχε ξεκινήσει με πολλά προβλήματα για την ΑΕΚ. Στο ξεκίνημα αυτής της περιόδου η ΑΕΚ αντιμετώπιζε μεγάλα οικονομικά προβλήματα και έφτασε να απειλείται με υποβιβασμό στην Δ΄Εθνική. Τελικά η διοίκηση Νικολαΐδη πέτυχε την υπαγωγή της ομάδας στο άρθρο 44 με αποτέλεσμα η ΑΕΚ να ξεπεράσει προσωρινά τον σκόπελο των χρεών.[1] Παράλληλα η διοίκηση προχώρησε σε κάποιες μεταγραφικές κινήσεις που είχαν ως αποτέλεσμα την καλή πορεία στο πρωτάθλημα. Η ΑΕΚ τερμάτισε στην 3η θέση 1 μόλις βαθμό πίσω από τον πρωτοπόρο Παναθηναϊκό. Συγκέντρωσε συνολικά 64 βαθμούς (46-22 τέρματα).[10]
Χειρότερες χρονιές της δεκαετίας για την ΑΕΚ ήταν οι περίοδοι 2003-04 και 2008-09. Το ξεκίνημα της αγωνιστικής πορείας της ΑΕΚ την περίοδο 2008-09, δεν ήταν καθόλου καλό. Η ΑΕΚ αποκλείστηκε πρόωρα από το κύπελλο ΟΥΕΦΑ, από την Ομόνοια Λευκώσιας, ενώ στο πρωτάθλημα πραγματοποιούσε μέτρια πορεία. Αποτέλεσμα της κακής πορείας ήταν να παραιτηθεί από την προεδρία της ομάδας ο Ντέμης Νικολαΐδης και λίγο αργότερα και ο προπονητής Γιώργος Δώνης.[11] Η ΑΕΚ τερμάτισε στην 4η θέση 16 βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό, σε μία πορεία από τις χειρότερες της δεκαετίας. Συγκέντρωσε συνολικά 55 βαθμούς (40-24 τέρματα). Στα play-off βελτίωσε λίγο την θέση τηε τερματίζοντας τελικά 3η.[12] Την περίοδο 2003-04 η ΑΕΚ τερμάτισε στην 4η θέση 22 βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό. Συγκέντρωσε συνολικά 55 βαθμούς (57-32 τέρματα).[13]
Τις περιόδους 1999-00, 2000-01, 2005-06 και 2006-07 η ΑΕΚ πραγματοποίησε αξιοπρεπείς πορείες χωρίς όμως να πετύχει κάτι σημαντικό. Την περίοδο 2005-06 που ήταν οι καλύτερη από αυτές της τρεις η ΑΕΚ τερμάτισε στην 2η θέση 3 βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό. Συγκέντρωσε συνολικά 67 βαθμούς ενώ πέτυχε μόνο 42 τέρματα και δέχτηκε 20, κάτι που δείχνει το αμυντικό σύστημα της ομάδας.[14] Την αμέσως επόμενη περίοδο τερμάτισε στην 2η θέση 9 βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό. Συγκέντρωσε συνολικά 62 βαθμούς (60-27 τέρματα).[15] Την περίοδο 1999-00 τερμάτισε στην τρίτη θέση στο πρωτάθλημα, 26 βαθμούς πίσω από τον πρωταθλητή Ολυμπιακό. Κατέκτησε όμως το κύπελλο νικώντας στον τελικό τον Ιωνικό με σκορ 3-0 ενώ την αμέσως επόμενη χρονιά τερμάτισε στην 3η θέση 17 βαθμούς πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό. Συγκέντρωσε συνολικά 61 βαθμούς, πέτυχε 61 τέρματα και δέχτηκε 34.[16]
Η ΑΕΚ κατέκτησε δύο κύπελλα στην διάρκεια της δεκαετίας, την περίοδο 1999-2000 και 2001-02. Το 1999-2000 Η ΑΕΚ κατέκτησε το 12ο συνολικά κύπελλο στην ιστορία της ύστερα από μία πολύ καλή πορεία, όπου απέκλεισε διαδοχικά τα Τρίκαλα, τον Ολυμπιακό και τον Πανιώνιο. Στον τελικό επικράτησε του Ιωνικού με σκορ 3-1. Αναλυτικά η πορεία στο κύπελλο.[17] Την περίοδο 2001-02 Η ΑΕΚ κατέκτησε το 13ο συνολικά κύπελλο στην ιστορία της και το τελευταίο μέχρι στιγμής, ύστερα από μία πολύ καλή πορεία, όπου απέκλεισε διαδοχικά τον Άγιο Νικόλαο, τον Κιλκισιακό, τον ΠΑΟΚ και την Ξάνθη. Στον τελικό επικράτησε του Ολυμπιακού με σκορ 3-1. Αναλυτικά η πορεία στο κύπελλο[18]
Η ΑΕΚ ήταν φιναλίστ δύο ακόμα χρονιές, την περίοδο 2005-06 οπότε και ηττήθηκε από τον Ολυμπιακό με σκορ 3-0 και την περίοδο 2008-09 ηττήθηκε τελικά από τον Ολυμπιακό στα πέναλντι μετά από έναν συναρπαστικό αγώνα που έληξε στην παράτηση με σκορ 4-4. Χρειάστηκε να χτυπηθούν συνολικά 32 πέναλντι για να αναδειχθεί νικητής. Ο τελικός αυτός χαρακτηρίστηκε ως ένας από τους κορυφαίους όλων των εποχών.
Η ΑΕΚ πραγματοποίησε κακές πορείες τις περίοδους 2000-01, 2006-07 και 2007-08. Στην διοργάνωση του 2000-01 η ΑΕΚ κληρώθηκε στην φάση των ομίλων στον ίδιο όμιλο με τον Παναθηναϊκό. Τερμάτισε δεύτερη έχοντας πετύχει εντυπωσιακό αριθμό τερμάτων. Στην επόμενη φάση κληρώθηκε με τον Ολυμπιακό. Στον πρώτο επεισοδιακό αγώνα η ΑΕΚ έμεινε με εννέα παίκτες όσο ακόμα το παιχνίδι ήταν 1-1. Ο τότε διευθύνων σύμβουλος της ομάδας Πέτρος Στάθης προέτρεψε τους παίκτες να προσποιηθούν τους τραυματίες ώστε να διακοπεί ο αγώνας, ο οποίος διακόπηκε στο 70 εις βάρος της ΑΕΚ η οποία αποκλείστηκε πρόωρα από την διοργάνωση ύστερα από την βαρεία ήττα στην ρεβάνς από τον Ολυμπιακό με 6-1.[19] Την περίοδο 2006-07 η ΑΕΚ αποκλείστηκε πρόωρα από το Χαϊδάρι από τον πρώτο κιόλας αγώνα που έδωσε. Στον μοναδικό αγώνα που έδωσε η ΑΕΚ στον θεσμό το αποτέλεσμα παρέμεινε 0-0 στην κανονική διάρκεια του αγώνα και στην παράταση ενώ στην διαδικασία των πέναλντι έχασε 5-4.[20] Την επόμενη χρονιά η ΑΕΚ αποκλείστηκε από τον δεύτερο μόλις γύρο από την ομάδα της Ξάνθης, δίνοντας μόλις δύο αγώνες στον θεσμό.[21]
Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 1999-00
Φάση
Αγώνες
Εντός
Εκτός
Αποτέλεσμα
Πρ./Απ.
Φάση ομίλων
AEK - Αιγάλεω
6-1
1η θέση
ΑΕΚ - Καρδίτσα
6-1
ΑΕΚ - Τρίκαλα
2-1
ΑΕΚ - Αθηναϊκός
3-0
ΑΕΚ - Ακράτητος
3-0
Β΄ Φάση
ΑΕΚ – Τρίκαλα
6-0
Πρόκριση
Προημιτελικά
ΑΕΚ – Ολυμπιακός
3-0
1-1
Πρόκριση
Ημιτελικά
ΑΕΚ – Πανιώνιος
4-1
1-2
Πρόκριση
Τελικός
ΑΕΚ – Ιωνικός
3-0
Κυπελλούχος
Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2000-01
Φάση
Αγώνες
Εντός
Εκτός
Αποτέλεσμα
Πρ./Απ.
Φάση ομίλων
ΑΕΚ -Κοζάνη
5-2
4-1
2η θέση
ΑΕΚ - Ολυμπιακός Βόλου
9-1
2-1
ΑΕΚ -Παναθηναϊκός
3-1
1-2
ΑΕΚ -Εθνικός
8-0
3-0
ΑΕΚ - Λάρισα
1-0
2-2
Β Φάση
ΑΕΚ - Ολυμπιακός
0-2 (α.α.)1
1-6
Αποκλεισμός
Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2001-02
Φάση
Αγώνες
Εντός
Εκτός
Αποτέλεσμα
Πρ./Απ.
Φάση ομίλων
AEK - Πανσερραϊκός
5-0
5-1
1η θέση
ΑΕΚ - Ναυπακτιακός Αστέρας
4-0
6-3
ΑΕΚ - Αιγάλεω
2-0
3-3
Β΄ Φάση
ΑΕΚ – Άγιος Νικόλαος
3-0
1-0
Πρόκριση
Γ΄ Φάση
ΑΕΚ – Κιλκισιακός
6-0
1-0
Πρόκριση
Προημιτελικά
ΑΕΚ – ΠΑΟΚ
2-1
4-0
Πρόκριση
Ημιτελικά
ΑΕΚ – Ξάνθη
0-0
1-0 (παρ)
Πρόκριση
Τελικός
ΑΕΚ – Ολυμπιακός
2-1
Κυπελλούχος
Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2002-03
Φάση
Αγώνες
Εντός
Εκτός
Αποτέλεσμα
Πρ./Απ.
Β΄ Φάση
ΑΕΚ – Χαλκηδόνα
3-1
3-0
Πρόκριση
Γ΄Φάση
ΑΕΚ – Απόλλων Αθηνών
2-0
3-0
Πρόκριση
Προημιτελικά
ΑΕΚ – Πανιώνιος
4-2
1-1
Πρόκριση
Ημιτελικά
ΑΕΚ – ΠΑΟΚ
0-1
1-1
αποκλεισμός
Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2003-04
Φάση
Αγώνες
Εντός
Εκτός
Αποτέλεσμα
Πρ./Απ.
Γ΄Φάση
ΑΕΚ – Αγροτικός Αστέρας
2-2
2-0
Πρόκριση
Προημιτελικά
ΑΕΚ – Ηρακλής
1-0
3-2
Πρόκριση
Ημιτελικά
ΑΕΚ – Παναθηναϊκός
0-1
2-2
αποκλεισμός
Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2004-05
Φάση
Αγώνες
Εντός
Εκτός
Αποτέλεσμα
Πρ./Απ.
Β΄Φάση
ΑΕΚ – Άγιος Δημήτριος
3-0
4-1
Πρόκριση
Γ΄Φάση
ΑΕΚ – Παναθηναϊκός
1-1
3-1
Πρόκριση
Προημιτελικά
ΑΕΚ – Πανιώνιος
2-0
0-0
πρόκριση
Ημιτελικά
ΑΕΚ – Ολυμπιακός
0-1
1-2
αποκλεισμός
Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2005-06
Φάση
Αγώνες
Εντός
Εκτός
Αποτέλεσμα
Πρ./Απ.
Β΄Φάση
ΑΕΚ – ΠΑΣ Γιάννενα
3-0
Πρόκριση
Γ΄Φάση
ΑΕΚ – Εθνικός
1-1 (4-3 πεν.)
Πρόκριση
Προημιτελικά
ΑΕΚ – Νίκη Βόλου
2-0
0-0
πρόκριση
Ημιτελικά
ΑΕΚ – Αγροτικός Αστέρας
3-0
0-1
πρόκριση
Τελικός
ΑΕΚ – Ολυμπιακός
0-3
φιναλίστ
Πορεία στο κύπελλο την περίοδο 2006-07
Η ΑΕΚ αποκλείστηκε πρόωρα από το Χαϊδάρι από τον πρώτο κιόλας αγώνα που έδωσε. Στον μοναδικό αγώνα που έδωσε η ΑΕΚ στον θεσμό το αποτέλεσμα παρέμεινε 0-0 στην κανονική διάρκεια του αγώνα και στην παράταση ενώ στην διαδικασία των πέναλντι έχασε 5-4
Την δεκαετία του 2000 η ΑΕΚ συμμετείχε ανελλιπώς στις Ευρωπαϊκές διοργανώσεις. Έδωσε μάλιστα σχεδόν όσους Ευρωπαϊκούς αγώνες είχε δώσει όλες τις προηγούμενες δεκαετίας μαζί. Συμμετείχε πέντε φορές στην κορυφαία διοργάνωση του Champions League και εννιά στην διοργάνωση του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ (τις τέσσερις λόγω πρόωρου αποκλεισμού από το Champions League ή λόγω κατάκτησης της 3ης θέσης στην φάσητων ομίλων). Καλύτερες Ευρωπαϊκές χρονιές της ΑΕΚ ήταν η τριετία 2001-03 και η περίοδος 2006-07. Την τριετία 2001-03 η ΑΕΚ κατάφερε να φτάσει τρεις συνεχόμενες χρονιές στην φάση των 16 του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ για να αποκλειστεί τελικά από τις πολύ ισχυρότερες Μπαρτσελόνα, Ίντερ και Μάλαγα. Πιο εντυπωσιακή πρόκριση ήταν η πρόκριση απέναντι στην Γερμανική Μπάγερ Λεβερκούζεν την περίοδο 2000-01. Ήταν και η μοναδική φορά που μία ελληνική ομάδα απέκλειε μία Γερμανική. Οι καλύτερες χρονιές της ΑΕΚ στην διοργάνωση του Champions League ήταν η περίοδος 2002-03 όταν και τερμάτισε τρίτη στον όμιλό της αποσπώντας έξι ισοπαλίες σε έξι αγώνες, απέναντι μάλιστα σε ισχυρούς αντιπάλους όπως η Ρεάλ Μαδρίτης και η Ρόμα και η περίοδος 2006-07 όταν και πέτυχε τις πρώτες τις νίκες σε φάση ομίλων του Champions Leahue. Την περίοδο αυτή τερμάτισε τρίτη στον όμιλό της και συνέχισε στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ. Η ΑΕΚ δεν πραγματοποίησε καλές πορείες την περίοδο 1999-2000 όταν και αποκλείστηκε στα προκριματικά από την Σουηδική ΑΙΚ Στοκχόλμης, την περίοδο 2003-04 που τερμάτισε τελευταία στον όμιλό της έχοντας αποσπάσει μόνο δύο ισόπαλίες και την περίοδ 2007-08 που αποκλείστηκε από την ισπανική Σεβίλλη ΦΚ. Ακόμα χειρότερη χρονιά ήταν η περίοδος 2008-09 που αποκλείστηκε στο κύπελλο ΟΥΕΦΑ από την πρώτη κιόλας αναμέτρηση με αντίπαλο την Ομόνοια Λευκωσίας. Η μεγαλύτερη νίκη που σημείωσε η ΑΕΚ αυτή την περίοδο ήταν απέναντι στην αδύναμη Γκρεβενμάχεν από το Λουξεμβούργο με σκορ 6-0, ενώ η μεγαλύτερή της ήττα ήταν από την Μπαρτσελόνα για το κύπελλο ΟΥΕΦΑ της περιόδου 2000-01 με σκορ 5-0 και από την Ζενίτ Αγίας Πετρούπολης την περίοδο 2004-05 με σκορ 5-1.
Με την φανέλα της ΑΕΚ κατά την δεκαετία του 2000, αγωνίστηκαν σημαντικοί διεθνείς Έλληνες παίκτες αλλά και αξιόλογοι ξένοι παίκτες. Κατά την δεκαετία αυτή, από τους παίκτες που αγωνίστηκαν με την φανέλα της ΑΕΚ ξεχώρισαν οι Έλληνες παίκτες Θοδωρής Ζαγοράκης, Τραϊανός Δέλλας, Κώστας Κατσουράνης, Νίκος Λυμπερόπουλος, ο Αργεντινός Φερνάντο Νάβας, ο διεθνής Παραγουανός Κάρλος Γκαμάρα, οι Ιταλοί Στέφανο Σορεντίνο και Μπρούνο Τσιρίλο και ο Βραζιλιάνος Ριβάλντο. Ο Θοδωρής Ζαγοράκης ήρθε στην ΑΕΚ το καλοκαίρι του 2001 και έμεινε μέχρι το καλοκαίρι του 2004.[22] Ο Τραιανός Δέλλας ήρθε στο ξεκίνημα της δεκαετίας και επέστρεψε την περίοδο2005-06. Ο Κώστας Κατσουράνης ήρθε στην ΑΕΚ την περίοδο 2002-03 και έμεινε μέχρι την περίοδο 2005-06.[23] Ο Νίκος Λυμπερόπουλος ήρθε την περίοδο 2003-04 και αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ κατά την περίοδο 2006-07[24] ενώ ο Ριβάλντο αγωνίστηκε στην ΑΕΚ μόνο κατά την περίοδο 2007-08. Ο Αργεντινός Φερνάντο Νάβας αγωνίστηκε κατά τις περιόδους 2001-02 και 2002-03 και οι Ιταλοί Τσιρίλο και Σορεντίνο αγωνίστηκαν τις περίοδους 2005-06 και 2006-07
Καλή παρουσία είχαν επίσης οι Κοσταρικανοί διεθνείς Μαουρίτσιο Ράιτ και Βάλτερ Σεντένο που αγωνίστηκαν την περίοδο 2002-03 και οι Πορτογάλοι Μπρούνο Άλβες και Πάουλο Ασουνσάο που αγωνίστηκαν την περίοδο 2004-05. Οι δύο Πορτογάλοι είχαν σημαντική εξέλιξη στην πορεία της καριέρας τους καθώς αγωνίστηκαν σε μεγάλες Ευρωπαϊκές ομάδες. Επίσης ξεχώρισε ο Αργεντινός Ισμαέλ Μπλάνκο ο οποίος αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ για δύο διαδοχικές χρονιές, την περίοδο 2007-08 και 2008-09[24]
Πολύ ηχηρές μεταγραφές της δεκαετίας που δεν προσέφεραν όμως τα αναμενόμενα ήταν οι Ντράγκαν Τσίριτς και Γιάννης Οκκάς
Ο Ντράγκαν Τσίριτς αποτέλεσε μία από τις ακριβότερες μεταγραφές της ΑΕΚ της δεκαετίας. Έπαιξε μία μόνο χρονιά στην ΑΕΚ , την περίοδο 1999-2000, χωρίς να προσφέρει τα αναμενόμενα.[25] Ο Οκκάς ήρθε την περίοδο 2003-04 ως αντικαταστάτης του Ντέμη Νικολαΐδη που έφυγε εκείνη την χρονιά, και δεν κατάφερε να προσφέρει πολλά κατά την σύντομη παρουσία του στην ΑΕΚ. Την επόμενη χρονιά αναγκάστηκε να αποχωρήσει λόγω αδυναμίας της ΑΕΚ να τον πληρώσει [26]
Επίσης από τους παίκτες που είχαν αποκτηθεί από την προηγούμενη δεκαετία συνέχισαν να έχουν πολύτιμη παρουσία οι Ντέμης Νικολαΐδης, Άκης Ζήκος, και Βασίλης Τσιάρτας . Ο Ντέμης Νικολαΐδης έφυγε το καλοκαίρι του 2003 για την Ατλέτικο Μαδρίτης. Την χρονιά αυτή είχε προηγηθεί επεισόδιο του παίχτη με τον μεγαλομέτοχο της ομάδας Μάκη Ψωμιάδη. Ο Άκης Ζήκος και ο Βασίλης Τσιάρτας μετά από σύντομη παρουσία στην γαλλική Μονακό και στην ισπανική Σεβίλλη αντίστοχα επέστρεψαν στην ΑΕΚ πραγματοποιώντας καλές εμφανίσεις. Την δεκαετία αυτή αποχώρησαν από την ενεργό δράση παίκτες με πολύ σημαντική προσφορά στην ΑΕΚ, όπως οι Τόνι Σαβέβσκι και Μιχάλης Κασάπης.
Η ΑΕΚ άλλαζε πολλές φορές ριζικά την σύνθεση της ομάδας. Την περίοδο 1999-2000 προστέθηκαν στο δυναμικό της ΑΕΚ οι: Τραϊανός Δέλλας, Ντράγκαν Τσίριτς, Γκόραν Πέτριτς και Βλαντιμίρ Ματιάσεβιτς, ενώ τον Ιανουάριο προστέθηκε και ο Μίλεν Πέτκοφ. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι Μπόμπαν Μπαμπούνσκι, Παράσχος Ζουμπούλης, Ντανιέλ Μπατίστα, Ίλια Ίλιεφ, Γιώργος Δώνης, Κρίστοφερ Ρε, Μπράνκο Μιλοβάνοβιτς και Κέλβιν Σέμπουε.[27] Την επόμενη χρονιά ήρθαν στην ΑΕΚ οι: Κάρλος Γκαμάρα, Γκρεγκορτζ Μιελκάρσκι, Σέρτζιο Μαρικά, Αντόνιο Φόλια Αντίστοιχα αποχώρησαν οι Τόνυ Σαβέβσκι και Βάιος Καραγιάννης που αποσύρθηκαν από την ενεργό δράση.[28]
Την περίοδο 2002-03 ήρθαν στην ΑΕΚ οι: Κώστας Κατσουράνης, Γρηγόρης Γεωργάτος, Δημήτρης Ναλιτζής, Μαουρίτσιο Ράιτ, Βάλτερ Σεντένο, Μίκαελ Κρεκ, Βασίλης Μπορμπόκης. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι Κάρλος Γκαμάρα, Μπλένταρ Κόλα, Ράμος Ροντρίγκο Φερουζέμ, Γκρέγκορ Μιελκάρσκι.[29] Την επόμενη χρονιά ήρθαν οι: Νίκος Λυμπερόπουλος, Γιάννης Οκκάς, Βασίλης Μόρας και Κόφι Αμπονσά. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι Ντέμης Νικολαΐδης, Βασίλης Τσιάρτας , Ηλίας Ατματζίδης, Βασίλης Μπορμπόκης, Θοδωρής Ζαγοράκης, Μιχάλης Κασάπης και ο Χρήστος Μαλαδένης.[30][31]
Την περίοδο 2004-05 λόγω των οικονομικών προβλημάτων που αντιμετώπιζε η ΑΕΚ άλλαξε σχεδόν όλη η σύνθεση της ομάδας. Ήρθαν οι Μπρούνο Άλβες, Πάουλο Ασουνσάο, Αλεσσάντρο Σοάρες, Λεωνίδας Καμπάνταης, Σίμος Κρασσάς, Χρήστος Κόντης, Χρήστος Μπούρμπος, Ηλίας Κυριακίδης, Σταύρος Τζιωρτζιόπουλος ενώ τον Ιανουάριο προστέθηκε και ο Νικολά Μάλμπασα. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι Βασίλης Τσάρτας, Θοδωρής Ζαγοράκης, Μιχάλης Κασάπης, Ίλια Ίβιτς, Χρήστος Μαλαδένης, Βασίλης Λάκης, Μίκαελ Κρεκ, Γιάννης Οκκάς, Δημήτρης Ναλιτζής, Γρηγόρης Γεωργάτος (είχε αποχωρήσει από τον Ιανουάριο της προηγούμενης χρονιάς).[32] Την επόμενη χρονιά ήρθαν οι Στέφανο Σορεντίνο, Μπρούνο Τσιρίλλο, Τραϊανός Δέλλας, Γιώργος Αλεξόπουλος, Μίλτος Σαπάνης, Ολέγκ Βιενγλίνσκι, Λουάι Τσάνκο, Παντελής Καπετάνος και τον Ιανουάριο προστέθηκε και ο Έμερσον Κόστα. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι Νίκος Κωστένογλου, Μίλεν Πέτκοφ, Μπρούνο Άλβες, Πάουλο Ασουνσάο. Την περίοδο 2006-07 οι Παντελής Καφές, Άκης Ζήκος που επέστρεψε από την Μονακό, Παναγιώτης Λαγός (από τις ακριβότερες μεταγραφές της χρονιάς), Παναγιώτης Κονέ, Αντρίγια Ντελίμπασιτς, Γκουστάβο Μαντούκα, Μάρτιν Παουτάσο, Περπαρίμ, Ντάνιελ Τόζερ. Αντίστοιχα αποχώρησαν οι Κώστας Κατσουράνης, Νικολά Μάλμπασα, Μίλτος Σαπάνης, Λουάι Τσάνκο, Όλεγκ Βενγλίνσκι, Έμερσον Κόστα.[33]
Την περίοδο 2007-08 ξεχώρισε η απόκτηση του Ριβάλντο. Την χρονιά αυτή προστέθηκαν στο δυναμικό της οι Ριβάλντο , Ισμαέλ Μπλάνκο, Ροδόλφο Αρουαμπαρένα, Ταμαντανί Ενσαλίβα Μωχάμεντ Καλλόν , Σίλβα Ράμος, Μαρσέλλο Μορέτο, Γιούργκεν Μάχο, Ζεράλδο Άλβες, Χάρης Παππάς και Μανού. Τον Ιανουάριο προστέθηκε και ο Εντίνιο. Αποχώρησαν αντίστοιχα οι Βασίλης Λάκης, Στέφανο Σορεντίνο, Μπρούνο Τσιρίλο, Μάρτιν Παουτάσο, Ιφεάνι Ουντέζε, Λεωνίδας Καπάνταης, Αντρέ Ντελίμπασιτς.[34] Την επόμενη χρονιά στο δυναμικό της ΑΕΚ προστέθηκαν οι Νάτσο Σκόκο ,Ντανιέλ Μαιστόροβιτς, Σωτήρης Κυργιάκος, Άγγελος Μπασινάς, Ράφικ Τζεμπούρ, Αγκουστίν Πελετιέρι, Σεμπαστιάν Σάχα και Χουανφράν. Αποχώρησαν οι Νίκος Λυμπερόπουλος, Ροδόλφο Αρουαμπαρένα, Ριβάλντο (αποχώρησε στο ξεκίνημα της σεζόν), Σωκράτης Παπασταθόπουλος, Φεντερίκο Ασκάρατε, Παντελής Καπετάνος, Ζούλιο Σέζαρ, Χρήστος Μπούρμπος, Μαρσέλο Μορέτο, Μανού.
Κατά την δεκαετία αυτή η ΑΕΚ άλλαζε πολύ συχνά προπονητές. Από τους προπονητές που πέρασαν από την ΑΕΚ αυτή την περίοδο ξεχώρισαν οι Φερνάντο Σάντος, Λορέντσο Σέρρα Φερέρ και ο Ντούσαν Μπάγεβιτς που επέστρεψε στην ΑΕΚ το καλοκαίρι του 2002 αλλά και τον Νοέμβριο του 2008.
Προπονητής της ΑΕΚ για την αγωνιστική περίοδο 1999-2000 ανέλαβε ο Λιούμπισα Τουμπάκοβιτς,[35] ο οποίος αποχώρησε την 13η αγωνιστική αφού η ομάδα μέχρι τότε σεν είχε βρει το ρυθμό της. Τον διαδέχτηκε μέχρι το τέλος του πρωταθλήματος ο Γιάννης Παθιακάκης. Η ΑΕΚ ξεκίνησε την επόμενη χρονιά με προπονητή τον Γιάννη Παθιακάκη, ο οποίος παρέμεινε στον πάγκο της ΑΕΚ μέχρι την 13η αγωνιστική. Τον διαδέχτηκε ο Τόνι Σαβέβσκι που αποχώρησε από την ενεργό δράση την χρονιά αυτή. Την περίοδο 2001-02 ανέλαβε προπονητής της ΑΕΚ ο Πορτογάλος Φερνάντο Σάντος.[35] Την επόμενη χρονιά επέστρεψε στον πάγκο της ΑΕΚ μετά από επτά χρόνια ο Ντούσαν Μπάγεβιτς . Ο Ντούσαν Μπάγεβιτς ξεκίνησε και την περίοδο 2003-04, αλλά αποχώρησε τον Ιανουάριο του 2004, σε μία περίοδο που η πορεία της ομάδας δεν ήταν καλή και η ένταση στις σχέσεις του με τους οπαδούς της ΑΕΚ είχε ενισχυθεί. Τον διαδέχτηκε στο υπόλοιπο της χρονιάς ο Ίλιε Ντουμιτρέσκου[35]
Την περίοδο 2004-05 επέστρεψε στον πάγκο της ΑΕΚ ο Φερνάντο Σάντος που παρέμεινε στην θέση του προπονητή για δύο χρόνια. την αγωνιστική περίοδο 2006-07 προπονητής της ΑΕΚ ανέλαβε ο Ισπανός Λορένθο Σέρα Φερέρ. Ο Φερέρ συνέχισε και την περίοδο 2007-08 όπου παρέμεινε στον πάγκο μέχρι την 20η αγωνιστική. Τον διαδέχτηκε στην συνέχεια ο Νίκος Κωστένογλου . Για την περίοδο 2008-09 ανέλαβε ο Γιώργος Δώνης ο οποίος παρέμεινε στον πάγκο της ΑΕΚ μόνο για έντεκα αγωνιστικές και αποχώρησε λόγω της πολύ κακής πορείας της ομάδας μέχρι εκείνη την στιγμή. Τον διαδέχτηκε για την συνέχεια του πρωταθλήματος ο Ντούσαν Μπάγεβιτς ο οποίος επέστρεψε στην ΑΕΚ για τρίτη φορά.[35]
Η δεκαετία του 2000 ήταν μία από τις πιο ταραγμένες δεκαετίες διοικητικά στην ιστορία της ΑΕΚ. Την περίοδο 1999-2000 ο έλεγχος της ΑΕΚ πέρασε από την ΕΝΙΚ στην Ολλάνδική εταιρία Net Med.[36] Πρόεδρος ανέλαβε ο Κορνήλιος Σιρχάουζ που έγινε ο πρώτος αλλοδαπός πρόεδρος στην ιστορία της ΑΕΚ. Διευθύνων σύμβουλος ήταν ο Πέτρος Στάθης.[2] Το 2001 ο έλεγχος της ΠΑΕ πέρασε στον Μάκη Ψωμιάδη και χρέη προέδρου την περίοδο αυτή εκτελούσε ο ξάδερφος του Χαρίλαος Ψωμιάδης.[2] Ο Ψωμιάδης παρέμεινε στην διοίκηση της ΑΕΚ μέχρι τις αρχές του 2003 και αποχώρησε λίγο μετά τις καταγγελίες του Ντέμη Νικολαΐδη για την έφοδο που πραγματοποίησε ο Μάκης Ψωμιάδης στο σπίτι του [37] Την περίοδο αυτή η οικονομική κατάσταση της ομάδας επιδεινώθηκε.[36] Στην συνέχεια ανέλαβε τις τύχες της ομάδας η ερασιτεχνική με πρόεδρο τον Γιάννη Γρανίτσα.[2] Την περίοδο 2004-05 η ΑΕΚ πέρασε σε ομάδα επιχειρηματιών με πρόεδρο τον Ντέμη Νικολαΐδη. Στο ξεκίνημα αυτής της περιόδου η ΑΕΚ αντιμετώπιζε μεγάλα οικονομικά προβλήματα και έφτασε να απειλείται με υποβιβασμό στην Δ΄Εθνική. Τελικά η διοίκηση Νικολαΐδη πέτυχε την υπαγωγή της ομάδας στο άρθρο 44 με αποτέλεσμα η ΑΕΚ να ξεπεράσει προσωρινά τον σκόπελο των χρεών.[1] Παράλληλα η διοίκηση προχώρησε σε κάποιες μεταγραφικές κινήσεις που είχαν ως αποτέλεσμα την καλή πορεία στο πρωτάθλημα. Ο Ντέμης Νικολαΐδης παραιτήθηκε από την προεδρία το φθινόπωρο του 2008 ως αποτέλεσμα της κακής πορείας της ομάδας και της διαμάχης του με μερίδα οπαδών.[11] Επόμενος πρόεδρος ανέλαβε ο Γιώργος Κιντής.
Την δεκαετία αυτή η ΑΕΚ βρέθηκε χωρίς έδρα. Στο τέλος της περιόδου 2002-03 κατεδαφίστηκε το γήπεδο της Νέας Φίλαδέλφειας.[38] το οποίο είχε υποστεί αρκετές ζημιές στον μεγάλο σεισμό της Αττικής το 1999. Την επόμενη χρονιά η ΑΕΚ αντιμετώπιζε και πρόβλημα έδρας και έδωσε τους περισσότερους αγώνες της στα γήπεδα της Νέας Σμύρνης και των Άνω Λιοσίων. Από την περίοδο 2004-05 καθιέρωσε ως έδρα της το Ολυμπιακό στάδιο της Αθήνας.
